La disminución de las presas naturales del jaguar ha llevado a la depredación de presas alternativas y más accesibles como el ganado y otros animales domésticos. La falta de manejo y cuido en fincas las deja vulnerable a los ataques del jaguar, particularmente a terneros y el ganado que pasta en el borde de los bosques.  Esto resulta muchas veces en conflictos entre ganaderos y jaguares, y en muchos casos la muerte del jaguar.

• El istmo panameño tiene especial importancia para la conservación del jaguar por ser la última y más estrecha porción del Corredor Biológico Mesoamericano, que ha servido desde hace miles de años como puente terrestre natural entre Norte y Sudamérica. 
• Los bosques tropicales densos e intactos de la región de Darién en el sur de Panamá ofrecen algunos de los mejores hábitats de jaguares que quedan en las Américas, y existe un apoyo público significativo para la preservación de este corredor crítico de jaguares. Sin embargo, la ganadería y otras presiones económicas están invadiendo lentamente el hábitat del jaguar, incluso en Darién.
• De perderse la conectividad de los bosques y entre poblaciones de jaguares, la variabilidad genética de la especie se vería amenazada y la expone a la extinción.